فن کویل نیز همانند سایر تجهیزات دیگر من جمله تجهیزاتی که در تهویه مطبوع به کار می رود دارای مزایا و معایبی است که برای به کار بردن تجهیزات در سیکل های مربوطه بهتر است در مورد آن ها اطلاعات و آگاهی صورت بگیرد. یکی از معایب فن کویل این است که این سیستم برای آن که دارای طول عمر مناسب و طولانی داشته باشد نیاز به سرویس دهی های مرتب و پیوسته دارد و تعمیرات و نگهداری زیاد این سیستم باعث شده است تا صنایع و محیط هایی که از فن کویل استفاده می کنند با مشکلاتی مواجه شوند. هزینه های سرویس دهی که معمولا به صورت سالانه اتفاق می افتد و موارد فنی از جمله هزینه های مازاد بر خرید سیستم از معایب فن کویل هستند. تعداد قطعات فن کویل زیاد است به همین دلیل فرسوده شدن و یا از کار افتادن هر کدام از این قطعات هزینه های اضافی هستند که برای فن کویل پیش بینی می شود. یکی از دلایل این که برخی از فن کویل ها به دفعات دچار خرابی و فرسودگی می شوند این است که فیلتر و سینی تخلیه در این سیستم باید همواره تمیز شود. عملکرد فن ها به تمیز بودن فیلترها وابسته است و اگر سینی تخلیه تمیز نباشد بازدهی فن کویل پایین می آید و حجم های خروجی کاهش پیدا می کند.
یکی از معایب فن کویل این است که در طراحی و قطعات به کار برده شده در فن کویل سیستمی جهت گرفتن هوای تازه از محیط برای تهویه فضای داخلی تعبیه نشده است. فن کویل هوای داخل محیط (اتاق) را می گیرد، آن را بر طبق تنظیمات مربوطه مطبوع کرده و مجددا به فضا بر میگرداند، درحالی که بهترین سیستم های تهویه آن هایی هستند که بتوانند با جذب هوای تازه از محیط بیرون شرایط هوای مساعد را فراهم کنند. البته لازم به ذکر است که برخی از فن کویل ها دارای دریچه هایی هستند که از طریق آن ورود هوای تازه صورت می گیرد. بنابراین در کنار یک فن کویل معمولا از یک هواساز استفاده می شود که هم میزان رطوبت هوا تنظیم شود و هم امکان ورود هوای تازه به داخل فضا وجود داشته باشد.
معایب فن کویل
یکی دیگر از معایب فن کویل این است که در این سیستم کانال تعبیه نشده است و تمامی اتصالات با لوله انجام می شود و به همین دلیل اگر فضایی نیاز به کانال داشته باشد، فن کویل نمی تواند این شرایط را فراهم کند. کندانس در فصل تابستان و دفع شدن آن ها در واحد و نیاز به کانال های جداگانه جهت خروج هوا از دیگر معایب فن کویل هستند.